Soweit aus der Doku von spamassassin hervorgeht kann man alle Dateien da lassen wo sie vom Update hingepackt werden. Der erstere Pfad wird gegenüber den Dateien in /usr/share/spamassasin bevorzugt. Habe das allerdings nicht getestet, ist also Theorie. Neustarten muß man keine Dienste (außer den spamd für POP3, falls verwendet) da spamassassin für jedes mail extra gespawned wird.
Du kannst allerdings per SSH versuchen amavisd im Debugmodus zu starten, dann kann man sehen was passiert.
EDIT:
Habe gerade ein neues SPAM-Mail bekommen. Im Header ist nix mehr vom 2010 Problem zu sehen.
Also bei mir:
einfach nur sa-update laufen lassen -> Alles gut.